6 września 1939 r. do miasta wkroczyły wojska niemieckie, a tym samym rozpoczął się okres okupacji niemieckiej, od początku naznaczonej licznymi egzekucjami cywilów. W wyniku reformy administracyjnej, związanej z utworzeniem GG, Limanowa utraciła status miasta powiatowego. Ukształtowanie terenu w okolicach Limanowej sprzyjało działalności partyzanckiej, która też intensywnie się tam rozwinęła i obejmowała oddziały AK (duże zgrupowanie w rejonie masywu Mogielicy) i BCh, zaś w 1944 r. pojawiły się także dywersyjne oddziały sowieckie. W ramach przyjętej przez III Rzeszę polityki wykorzystania obszaru GG na potrzeby wojenne i w oparciu o urządzenia zamkniętej rafinerii, zorganizowano w Limanowej dużą bazę przeładunkową paliw płynnych dla frontu wschodniego. Limanowa została wyzwolona spod okupacji niemieckiej 19 stycznia 1945 r. W 1957 roku został odsłonięty w Parku Miejskim Pomnik Wdzięczności Armii Czerwonej. Okres po sfałszowanych wyborach w 1947 r. to czas intensywnej stalinizacji, czego symbolem stało się przemianowanie ulicy Piłsudskiego na ulicę Józefa Stalina. Intensywny rozwój Limanowej został zapoczątkowany w drugiej połowie lat 60. Rozpoczęto wtedy przebudowę centrum, które zyskało m.in. całkowicie nową płytę Rynku i dwa duże domy towarowe. W ramach obchodów milenium chrztu Polski w 1966 r. odbyły się w Limanowej uroczystości pod przewodnictwem Karola Wojtyły. Z tej okazji na zlecenie Kościoła nakręcono dokument, będący najprawdopodobniej pierwszym kolorowym filmem uwieczniającym miasto. Nie zmieniało to negatywnego nastawienia lokalnych władz PZPR do religii. Lata 70. XX w. przyniosły kontynuację rozbudowy osiedli i zakładów przemysłowych oraz medialną sławę miasta, związaną z sukcesami w telewizyjnych „turniejach miast”. Jednak w związku z budową i modernizacją alternatywnych połączeń kolejowych Nowego Sącza z resztą kraju, straciła poważniejsze znaczenie jedyna linia kolejowa przebiegająca przez Limanową. W rezultacie linia ta nie została nawet zelektryfikowana, a z czasem ruch na niej praktycznie zamarł. 1 czerwca 1975 r. w związku z reformą administracji powiaty zostały zniesione, a Limanowa znalazła się w woj. nowosądeckim. Kryzys gospodarczy narastający w drugiej połowie lat 70. XX w. był odczuwalny dla mieszkańców miasta, choć nawet w latach 80. kontynuowano budowę osiedli mieszkaniowych i pewne inwestycje infrastrukturalne. Transformacja ustrojowa w 1989 r. pociągnęła za sobą upadłość, przekształcenia własnościowe i ograniczenie działalności kilku największych zakładów, które niejednokrotnie odbyły się w nie do końca jasnych okolicznościach. Niemniej, ponieważ Limanowa – w przeciwieństwie do wielu miast podobnej wielkości – nie była uzależniona od jednego dużego zakładu przemysłowego, transformacja przebiegła stosunkowo łagodnie. 1 stycznia 1999 r. miasto na powrót stało się siedzibą powiatu, a w 2004 r. otrzymało nagrodę za najlepsze w Polsce wykorzystanie funduszy unijnych w kategorii miast do 40 000 mieszkańców. Do chwili obecnej nie udało się jednak rozwiązać kluczowego dla dalszego rozwoju Limanowej problemu, jakim jest niedostatek dogodnych połączeń drogowych z resztą kraju, przy praktycznym braku kolejowych. Bezpośrednia linia kolejowa do Krakowa i obwodnica miasta od ponad 30 lat pozostają w sferze projektów.